gmx gyrate命令分析表面活性剂的自组装使用求助

呆宝可乐 · 发表于 Post on 2020-6-9 00:04:07

模拟的是表面活性剂的自组装，包括离子液，表面活性剂，CO2，想计算如下图(截取于一篇文献)所示聚团的回转半径Rg，请问，是否可以直接通过这一命令：gmx gyrate -s md.tpr -f md.xtc -o gyrate.xvg，选择system，得到Rg?

如果不是，请问怎么计算
感谢社长解惑。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-9 12:34:16

应该可以，如果结果符合预期就可以用

diaok · 发表于 Post on 2020-6-9 14:09:03

气相的？游离水影响小应该可以用
不过感觉用clustersize把团簇原子编号弄出来更好

呆宝可乐 · 发表于 Post on 2020-6-9 15:39:01

sobereva 发表于 2020-6-9 12:34
应该可以，如果结果符合预期就可以用

谢谢社长

呆宝可乐 · 发表于 Post on 2020-6-9 15:45:34

diaok 发表于 2020-6-9 14:09
气相的？游离水影响小应该可以用
不过感觉用clustersize把团簇原子编号弄出来更好

超临界CO2微乳液，刚开始学习结果分析，请问一下能不能详细说说怎么用clustersize弄出团簇原子编号呢

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-9 16:03:58

呆宝可乐发表于 2020-6-9 15:45
超临界CO2微乳液，刚开始学习结果分析，请问一下能不能详细说说怎么用clustersize弄出团簇原子编号呢

用不着弄出来编号
clustsize直接告诉你最大的簇的容量随时间的变化

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[GROMACS] gmx gyrate命令分析表面活性剂的自组装使用求助