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[GROMACS] 求助盒子大小和分子数目匹配问题

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我模拟一个丁二醇分子和乙二醇分子填充的盒子,计划是6nm边长的正方体盒子,计算了常压下对应密度下的6nm盒子内应该具有的分子数量利用packmol填充进去,然后在进行能量最小化的时候就会报出这个错误,我反复更改过盒子大小,没有改动分子数量,报错没有改变,想问问老师这个错误一般怎么处理。(GROMACS 2019.3,采用了AVX-256,windows环境下操作)

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发表于 Post on 2020-6-10 11:43:33 | 只看该作者 Only view this author
加上-ntmpi 1让程序只用一个MPI进程,此时不会使用域分解,也就没这个问题。亦可尝试 -nt [核数] 方式减小核数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-11 08:34:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-10 11:43
加上-ntmpi 1让程序只用一个MPI进程,此时不会使用域分解,也就没这个问题。亦可尝试 -nt [核数] 方式减小 ...

问题解决了,谢谢社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-12 09:34:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-10 11:43
加上-ntmpi 1让程序只用一个MPI进程,此时不会使用域分解,也就没这个问题。亦可尝试 -nt [核数] 方式减小 ...

社长,想多问一下,如果产生相出现了这个情况还能只用一个MPI进程么,此时不用域分解会影响结果么

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发表于 Post on 2020-6-13 01:01:47 | 只看该作者 Only view this author
sungl123456 发表于 2020-6-12 09:34
社长,想多问一下,如果产生相出现了这个情况还能只用一个MPI进程么,此时不用域分解会影响结果么

是否用域分解只影响计算效率,对结果原理上无影响
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