gromacs gpu加速占用只有37%的问题

961106 · 发表于 Post on 2020-6-11 11:09:28

请问老师，我给电脑换了一块RTX2070super的显卡，用gpu加速跑模拟的时候发现gpu占用只有37%，请问老师可以有什么方法提高占用率吗？谢谢老师！我用的指令是gmx mdrun -deffnm xxx -nb gpu -v

mol · 发表于 Post on 2020-6-11 20:05:26

37%应该是风扇的转速吧

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-11 22:10:31

信息不充分，比如体系大小、mdp设置、gmx版本等等
尽量用较新的gmx，并且用较大体系说事

961106 · 发表于 Post on 2020-6-12 15:24:09

sobereva 发表于 2020-6-11 22:10
信息不充分，比如体系大小、mdp设置、gmx版本等等
尽量用较新的gmx，并且用较大体系说事

对不起老师，我没说清楚。
我的gmx版本是2018.4 ，就是之前培训上您给编译好的版本。
我的体系是一个蛋白质和20000个水分子，一共83679个原子。
mdp文件是：
integrator             = md
dt                      = 0.002
nsteps                = 250000

nstxout                = 500
nstvout                = 500
nstfout                = 500
nstenergy             = 500
nstlog                = 500
energygrps             = system;Protein Non-Protein
nsttcouple             = 10

nstlist                = 50
ns-type                = Grid
pbc                   = xyz
rlist                   = 333.3
cutoff-scheme          = verlet
coulombtype             = Cut-off
rcoulomb                = 333.3
vdw-type                = Cut-off
rvdw                   = 333.3

Tcoupl                = nose-hoover
tc-grps                = Protein  Non-Protein
tau_t                   = 0.5    0.5
ref_t                   = 370    370

DispCorr                = EnerPres

Pcoupl                = no

gen-vel                = yes
gen-temp                = 370

constraints             = all-bonds
continuation          = no
constraint_algorithm    = lincs
lincs_iter             = 1
lincs_order             = 4

StormSpirts · 发表于 Post on 2020-6-12 16:21:50

本帖最后由 StormSpirts 于 2020-6-12 16:31 编辑

Pwr: Usage/Cap一栏达到194W/215W，应该很接近满载了。GPU Fan为37%说明你散热比较好，可能你到了满载的时候，它都未必能到100%

961106 · 发表于 Post on 2020-6-12 17:17:07

StormSpirts 发表于 2020-6-12 16:21
Pwr: Usage/Cap一栏达到194W/215W，应该很接近满载了。GPU Fan为37%说明你散热比较好，可能你到了满载的时 ...

老师，那请问怎么做可以提高速度呢？还是说这个效果已经是最好的呢，谢谢！

k64_cc · 发表于 Post on 2020-6-12 17:46:23

StormSpirts 发表于 2020-6-12 16:21
Pwr: Usage/Cap一栏达到194W/215W，应该很接近满载了。GPU Fan为37%说明你散热比较好，可能你到了满载的时 ...

温度49°C，这么凉快看着真不像满载。而且GPU-Util 也才36%

最好监控个半分钟看看统计平均啥的。

qinzhong605 · 发表于 Post on 2020-6-12 18:20:20

看后面那个，利用率不大，我记得论坛有一篇专门关于多显卡gmx测试，你看看吧

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-13 01:14:56

961106 发表于 2020-6-12 15:24
对不起老师，我没说清楚。
我的gmx版本是2018.4 ，就是之前培训上您给编译好的版本。
我的体系是一个蛋 ...

装2019，GPU利用率可能更高

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