模拟温度对两个有机小分子之间弱相互作用能的破坏力求助

华理小妮 · 发表于 Post on 2020-6-12 15:53:47

各位老师们好，我想模拟在氯仿溶剂中，温度对于两个有机小分子之间弱相互作用的破坏力，我用高斯和multiwfn对这两个小分子之间的作用力进行了分析，它们之间的弱相互作用主要为氢键和ΠΠ键，相互作用能为-14Kcal/mol想问一下老师们是否可以用gromacs来做，最好的好能说明一下具体的模拟步骤。
另外我还想问一个问题，打个比方，如果最终的模拟结果显示，在25摄氏度下这两个小分子间的弱相互作用能被破坏了，两个小分子分开了很远，是否可以说明在实际情况下，在氯仿溶剂，25摄氏度下，这两个有机小分子之间不存在弱相互作用了。

我是做材料方面的，对分子动力学只了解一点皮毛。还想请老师能帮忙解答一下。万分感谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-12 23:18:56

从热力学角度考虑，可以做分子间距离为变量的PMF曲线
从动力学角度考虑，可以考察分子间氢键寿命、分子间最近距离小于xx埃能连续维持的时间之类的
温度对以上信息都有显著影响

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[GROMACS] 模拟温度对两个有机小分子之间弱相互作用能的破坏力求助

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