求助分子动力学计算软件Newton-x中intcfl文件生成的问题

杨小狗

各位老师好，最近我在学习 newton-x软件，使用软件中的飞秒动力学模块的功能，在生成内坐标文件intcfl时，内容如下所示：
TEXAS
K                   STRE     1    2.        1.   
K                   STRE     2    3.        2.   
K                   STRE     3    4.        3.   
K                   STRE     4    5.        4.   
K                   STRE     5    6.        2.   
K                   STRE     6    7.        3.   
K                   STRE     7    8.        4.   
K                   STRE     8    9.        5.   
K                   BEND     9    3.        1.        2.   
K                   BEND    10    4.        2.        3.   
K                   BEND    11    5.        3.        4.   
K                   BEND    12    6.        1.        2.   
K                   BEND    13    7.        2.        3.   
K                   BEND    14    8.        3.        4.   
K                   BEND    15    9.        4.        5.   
K                   TORS    16    4.        3.        2.        1.   
K                   TORS    17    5.        4.        3.        2.   
K                   TORS    18    6.        2.        1.        5.   
K                   TORS    19    7.        3.        2.        1.   
K                   TORS    20    8.        4.        3.        2.   
K                   TORS    21    9.        5.        4.        3.



请问各位老师 这样的intcfl内容格式是正确的嘛？ 在进行analysis.pl计算的时候生成的mean_value.3 数据异常；而且prop.3文件是空的。
这是为什么呢？ 是因为我的intcfl文件是错误的，还是其他原因呢

杨小狗

@Mikasa

杨小狗

@sobereva 不好意思 社长 我下次提问先看原来别人相似问题的模块

杨小狗

嗯 解决了，时时刻刻都得以guide为准，多分析log文件中的各种错误，再上来询问大家

NicoleJiao

你好，老师，在这个选项时：Would you like to generate internal coordinate file? 我选的 y，但是在最后确没有生成 ntcfl 文件。老师您晓得这是什么原因吗？

杨小狗

NicoleJiao 发表于 2020-6-17 10:47
你好，老师，在这个选项时：Would you like to generate internal coordinate file? 我选的 y，但是在最后 ...

信息被我忽视了 不好意思 我记得使用$NX/zmat2intc.pl可以转换

xhzai

老师我也是这个问题，我的轨迹也是没有生成intcfl。然后我自己把xyz格式转换到了zmat格式然后再通过$NX/zmat2intc.pl这个转换得到了intcfl。然后我把intcfl文件放到我所有的轨迹结果里面，发现可以运行分析不报错了但是prop.3还是空白的这个是我的文件内容，然后我选择分析1但是prop.3空白   
TEXAS
K                   STRE     1    2.        1.   
K                   STRE     2    3.        2.   
K                   STRE     3    4.        3.   
K                   STRE     4    5.        4.   
K                   STRE     5    6.        2.   
K                   STRE     6    7.        3.   
K                   STRE     7    8.        5.   
K                   STRE     8    9.        6.   
K                   BEND     9    3.        1.        2.   
K                   BEND    10    4.        2.        3.   
K                   BEND    11    5.        3.        4.   
K                   BEND    12    6.        1.        2.   
K                   BEND    13    7.        2.        3.   
K                   BEND    14    8.        4.        5.   
K                   BEND    15    9.        5.        6.   
K                   TORS    16    4.        3.        2.        1.   
K                   TORS    17    5.        4.        3.        2.   
K                   TORS    18    6.        2.        1.        3.   
K                   TORS    19    7.        3.        2.        4.   
K                   TORS    20    8.        5.        4.        3.   
K                   TORS    21    9.        6.        5.        4.