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[GROMACS] 模拟离子液体和有机小分子体系nvt过程的warning

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本帖最后由 sungl123456 于 2020-6-23 11:12 编辑

老师们好,我在模拟[OMIM][BF4]离子液体和乙醇/乙酸乙酯这个混合物的液体分子盒子时,进行NVT过程时报出的这个warning,我不敢屏蔽掉这个warning于是采用了它说的方法,就是在mdp末尾加入了一些语句,详情可见附件中的mdp文件,但是warning还是存在,想问问老师们有什么方法。

@SXV9TLM79@$GA987[_L3{6.png (46.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

@SXV9TLM79@$GA987[_L3{6.png

nvt.mdp

1.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 16

ethylacetate.pdb

1.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

OMIM_scale0.8.itp

21.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

OMIM.pdb

3.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

ethylacetate.itp

5.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

ethanol.pdb

1.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

BF4_scale0.8.itp

1.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

ethanol.itp

3.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

top.top

4.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 13

BF4.pdb

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发表于 Post on 2020-6-22 17:00:31 | 只看该作者 Only view this author
感觉你的top文件本身就有问题,检查字段的合理性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-23 11:14:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sungl123456 于 2020-6-23 11:16 编辑
sobereva 发表于 2020-6-22 17:00
感觉你的top文件本身就有问题,检查字段的合理性

老师我把所有的输入文件上传了,我的top文件是对比之前做过的模拟写的,昨天到今天对部分输入文件做了修改但是warning不变

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发表于 Post on 2020-6-23 12:45:57 | 只看该作者 Only view this author
sungl123456 发表于 2020-6-23 11:14
老师我把所有的输入文件上传了,我的top文件是对比之前做过的模拟写的,昨天到今天对部分输入文件做了修 ...

我暂时没时间看
你先跑纯物质的盒子,这样便于检查。纯物质没问题了再跑混合体系的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-29 09:54:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sungl123456 于 2020-6-29 10:06 编辑
sobereva 发表于 2020-6-23 12:45
我暂时没时间看
你先跑纯物质的盒子,这样便于检查。纯物质没问题了再跑混合体系的。

老师好,我最终在mdp文件的结尾加上如下关键词,warning消失。不过部分关键词的意思我不是很明白,想请问老师这些关键词哪些会影响计算精度和计算时间之类的。

verlet-buffer-tolerance = 0.0001
shake_tol = 0.00001
lincs_order = 4
lincs_warnangle = 30
morse = no
lincs_iter = 2
另外,在计算开始后,会显示BLG is now turning on when benificial.请问老师这个显示的话会影响精度么

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发表于 Post on 2020-6-29 21:13:42 | 只看该作者 Only view this author
sungl123456 发表于 2020-6-29 09:54
老师好,我最终在mdp文件的结尾加上如下关键词,warning消失。不过部分关键词的意思我不是很明白,想请问 ...

主要就是把LINCS约束的阈值设宽松了,但这样可能伴随着危险,比如结构出现不合理扭曲之类的。为稳妥起见,如果你对于计算耗时不是特别关注,我更建议你不用约束,而把步长设小为1 fs。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-30 14:44:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-29 21:13
主要就是把LINCS约束的阈值设宽松了,但这样可能伴随着危险,比如结构出现不合理扭曲之类的。为稳妥起见 ...

好的,老师,不过不加constraints=h-bonds会不会使得体系不对氢键做计算,从而导致结构松散呢;另外我这个体系要对计算结果中的氢键做分析,是不是对氢键的约束还是有必要加上

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发表于 Post on 2020-6-30 21:47:40 | 只看该作者 Only view this author
sungl123456 发表于 2020-6-30 14:44
好的,老师,不过不加constraints=h-bonds会不会使得体系不对氢键做计算,从而导致结构松散呢;另外我这 ...

想多了
你完全误解了constraints=h-bonds的含义
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