VMD中merge后好多键都消失了，坐标也为0

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-6-27 10:30:49

老师请问一下，我把硅酸三钙和水放一块merge，后面出来的结果好多东西都消失了，坐标也为0

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-6-27 12:12:17

WB1040720479 发表于 2020-6-27 11:56
有木有大佬知道咋回事呀

如果只是想把两个物质放一起可以直接复制水的坐标到硅酸三钙的pdb里

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-6-27 13:40:28

你怎么merge的？

可以把原始pdb文件里面有坐标的这一段复制到这个文件中替换。。

wyb · 发表于 Post on 2020-7-15 11:02:34

是pbc wrap之后导致的么？应该是没有读取周期性边界盒子信息

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-7-28 10:36:11

Lacrimosa 发表于 2020-6-27 12:12
如果只是想把两个物质放一起可以直接复制水的坐标到硅酸三钙的pdb里

谢谢，很好的思路

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-7-28 10:36:54

fhh2626 发表于 2020-6-27 13:40
你怎么merge的？

可以把原始pdb文件里面有坐标的这一段复制到这个文件中替换。。

谢谢，很棒

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-7-28 10:37:34

wyb 发表于 2020-7-15 11:02
是pbc wrap之后导致的么？应该是没有读取周期性边界盒子信息

那我要咋样才能读取边界条件呀

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-7-28 15:26:24

WB1040720479 发表于 2020-7-28 10:37
那我要咋样才能读取边界条件呀

molinfo top set a 【】
molinfo top set b 【】
molinfo top set c 【】
在【】中填入你盒子的xyz长度，例如：
molinfo top set c 100.0

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