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楼主 Author: lei234
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[Gaussian/gview] 这种情况是否存在过渡态

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发表于 Post on 2015-10-6 11:13:20 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2015-10-6 10:27
用您说的M062X/6-311G**试了,还是跑得远远的了,而且用M062X/6-311G**试了下原来用B3LYP/6-31g*找到的过 ...


再从结构合理性上琢磨吧。

在B3LYP找的过渡态上继续用M062X refine的时候用calcall结合小步长上限,以保证可靠和避免一下跑飞了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-6 11:15:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-6 11:13
再从结构合理性上琢磨吧。

在B3LYP找的过渡态上继续用M062X refine的时候用calcall结合小步长上限, ...

知道了,谢谢您。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-10 08:46:46 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-9-30 09:58
如果是我的话会把上面那个分子单独优化,然后按照优化后的结果锁定C-O键长对这个体系优化。以及会把初猜 ...

请问加了EmpiricalDispersion=GD3BJ后,能量看哪一个?我原来读的是这一项Sum of electronic and thermal Free Energies+Zero-point correction,现在还是读这个吗?这两个能量要管吗?
R6Disp:  Grimme-D3(BJ) Dispersion energy=       -0.1641080015 Hartrees.
Nuclear repulsion after empirical dispersion term =     4632.9845362230 Hartrees.
还有,什么时候用GD2,什么时候用GD3,还有GD3BJ?
谢谢~

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发表于 Post on 2015-10-10 10:31:48 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2015-10-10 08:46
请问加了EmpiricalDispersion=GD3BJ后,能量看哪一个?我原来读的是这一项Sum of electronic and thermal ...

原来读哪个还读哪个。

R6Disp这个就是色散校正能,高斯内部在算的时候先把这一项纳入到核互斥项里。

GD2过时了。一般都用GD3BJ,仅对于明尼苏达系列泛函如M062X才使用GD3。这方面在此文有详述
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-10 10:54:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-10 10:31
原来读哪个还读哪个。

R6Disp这个就是色散校正能,高斯内部在算的时候先把这一项纳入到核互斥项里。

我看了您的这篇文章,试着用您推荐的B3LYP-GD3BJ优化了一下,得到的结构有点儿区别,见图。输入文件命令只加了EmpiricalDispersion=GD3BJ,版本是D.01。加了GD3BJ的能量(Sum of electronic and thermal Free Energies)比没有加的降低了-76.56kcal/mol, 我不知道我这个体系接下来的计算是否要加GD3BJ,请老师指教!  不胜感激!

B3LYP.png (34.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 48)

B3LYP

B3LYP

B3LYP-GD3BJ.png (39.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 49)

B3LYP-GD3BJ

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发表于 Post on 2015-10-10 11:03:01 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2015-10-10 10:54
我看了您的这篇文章,试着用您推荐的B3LYP-GD3BJ优化了一下,得到的结构有点儿区别,见图。输入文件命令 ...

降低那个程度是正常的。
要加D3的话所有计算从头到尾都得加,否则能量没有可比性。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-10 14:27:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-10 11:03
降低那个程度是正常的。
要加D3的话所有计算从头到尾都得加,否则能量没有可比性。

我纠结的是不知道该不该加...最后审稿人问个为什么要加D3BJ,我该怎么回答了

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发表于 Post on 2015-10-10 17:05:04 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2015-10-10 14:27
我纠结的是不知道该不该加...最后审稿人问个为什么要加D3BJ,我该怎么回答了

涉及到弱相互作用就加,免费改善精度
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