新人做聚合物模拟建模和力场选择求助

liudy02 · 发表于 Post on 2020-7-2 15:03:25

要做分子动力学的材料是一种叫PEEU的聚合物
重复单元里又有苯环
感觉不知道用什么东西搭起来这个结构才能比较合理
而且也不知道选择什么样的力场比较合适
个人比较中意charmm的力场，很多力场文件会很明确的给出图示说什么样的原子是哪一类
但是似乎没有在里边找到有说适合聚合物又还有苯环的
有人说oplsaa也不错，不过里边有些参数没弄懂，还不太明白怎么在lammps里移植参数
拜请各位大佬指教，不胜感激

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-7-3 10:56:21

参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-14751-1-1.html

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-7-3 15:56:31

常用的小分子力场，比如cgenff，gaff或者opls-aa都可以

liudy02 · 发表于 Post on 2020-7-4 13:30:31

Lacrimosa 发表于 2020-7-3 10:56
参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-14751-1-1.html

非常感谢您的回答
不过不是太能理解，您是指可以用Polymatic建模吗？

liudy02 · 发表于 Post on 2020-7-4 13:30:57

fhh2626 发表于 2020-7-3 15:56
常用的小分子力场，比如cgenff，gaff或者opls-aa都可以

非常感谢您的回答
不过，如果聚合物分子比较大也没问题吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-7-4 15:08:11

liudy02 发表于 2020-7-4 13:30
非常感谢您的回答
不过，如果聚合物分子比较大也没问题吗？

可以，比如CHARMM-GUI中就有polymer builder可以帮助建模

liudy02 · 发表于 Post on 2020-7-4 15:21:20

fhh2626 发表于 2020-7-4 15:08
可以，比如CHARMM-GUI中就有polymer builder可以帮助建模

唔，不知道还有这样的功能啊，非常感谢

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[Lammps] 新人做聚合物模拟建模和力场选择求助