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[GROMACS] gromacs力场该如何选取

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请问不同的体系gromacs应该选取什么力场比较合适呢?MOF材料,高分子材料,小分子溶液体系应该选取什么力场好呢?

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发表于 Post on 2020-7-4 22:04:12 | 只看该作者 Only view this author
多翻翻说明书,比在这问快多了

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发表于 Post on 2020-7-5 01:30:42 | 只看该作者 Only view this author
MOF用UFF4MOF之类的
有机高分子用GAFF就挺好,OPLS-AA亦可。
小分子溶液看具体是什么。普通有机小分子用GAFF、GROMOS、OPLS-AA、CGenFF力场描述都完全可以,我个人倾向于用acpype构造GAFF的拓扑文件并结合Multiwfn算的RESP2电荷来描述小分子。水模型原理上用四点水模型OPC最理想,用常用且直接自带的三点水模型SPC/E也完全可以。

这类问题一般在手册里并不体现。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-5 23:02:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-5 01:30
MOF用UFF4MOF之类的
有机高分子用GAFF就挺好,OPLS-AA亦可。
小分子溶液看具体是什么。普通有机小分子用G ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2020-7-6 00:17:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-5 01:30
MOF用UFF4MOF之类的
有机高分子用GAFF就挺好,OPLS-AA亦可。
小分子溶液看具体是什么。普通有机小分子用G ...

普通有机小分子用GAFF、GROMOS、OPLS-AA、CGenFF力场描述: 是不是OPLS-AA最准确?

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发表于 Post on 2020-7-6 10:26:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-5 01:30
MOF用UFF4MOF之类的
有机高分子用GAFF就挺好,OPLS-AA亦可。
小分子溶液看具体是什么。普通有机小分子用G ...

请问社长sama,计算气体分子在MOF中的扩散,如果用UFF力场的话,力场拓扑文件构造过程是否如下就可以:(1)gau计算MOF单胞、气体分子的RESP电荷,(2)用OBGMX得到itp、top,替换其中的电荷。

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发表于 Post on 2020-7-6 12:01:15 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2020-7-6 00:17
普通有机小分子用GAFF、GROMOS、OPLS-AA、CGenFF力场描述: 是不是OPLS-AA最准确?

没法这么说。这和分子类型、被模拟的具体问题关系很大
我个人通常都用GAFF,因为结合acpype产生拓扑文件又方便又靠谱,原子类型名称定义得清楚
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发表于 Post on 2020-7-6 12:12:25 | 只看该作者 Only view this author
qmlearner 发表于 2020-7-6 10:26
请问社长sama,计算气体分子在MOF中的扩散,如果用UFF力场的话,力场拓扑文件构造过程是否如下就可以:( ...

原则上可以。

另外还有个CBAC电荷可以考虑,专门给MOF开发,用这个电荷的话可以免得自己计算了。见J. Phys. Chem. C, 114, 5035-5042
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发表于 Post on 2020-7-6 12:43:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-6 12:12
原则上可以。

另外还有个CBAC电荷可以考虑,专门给MOF开发,用这个电荷的话可以免得自己计算了。见J.  ...

谢谢社长,我去研究一下:))

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发表于 Post on 2025-1-9 10:50:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-5 01:30
MOF用UFF4MOF之类的
有机高分子用GAFF就挺好,OPLS-AA亦可。
小分子溶液看具体是什么。普通有机小分子用G ...

请问卢老师,MOF类的材料能用GAFF+UFF4MOF结合起来吗?还是说UFF4MOF的精度已经可以了呢?
另外我使用了autoFF来产生GAFF+UFF4MOF的top文件。会有如下提示(GAFF+UFF时也会有):
“力场非键相互作用的1-4系数 GAFF:0.5; UFF4MOFII:1 不兼容,可能产生不准确的模拟结果”
但是在您给出的sobtop示例10中,使用就是GAFF+UFF的组合,这两者应该很类似才对,不会有如上的问题吗?

麻烦大家帮忙解答一下疑惑。感激不尽

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发表于 Post on 2025-1-10 00:21:19 | 只看该作者 Only view this author
JillW 发表于 2025-1-9 10:50
请问卢老师,MOF类的材料能用GAFF+UFF4MOF结合起来吗?还是说UFF4MOF的精度已经可以了呢?
另外我使用了 ...

MOF自身直接用UFF4MOF就完了

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发表于 Post on 2025-1-11 19:10:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-10 00:21
MOF自身直接用UFF4MOF就完了

但是要考虑有机小分子吸附问题的话感觉这个似乎不太够。
所以考虑GAFF+UFF4MOF来补充MOF的力场参数

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