可以做化学体系的分子动力学软件有哪些

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-5 10:52:15

您好，我做的体系是液液两相体系存在化学反应（有配位键的形成），想做一下分子动力学模拟不知道用哪个软件可行。

biogon · 发表于 Post on 2020-7-5 11:13:49

Lammps用反应力场

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-5 11:16:25

biogon 发表于 2020-7-5 11:13
Lammps用反应力场

谢谢您，Gromacs不可以吗因为我看Sob老师8月份有Gromacs的培训。

biogon · 发表于 Post on 2020-7-5 11:17:15

孙宝刚发表于 2020-7-5 11:16
谢谢您，Gromacs不可以吗因为我看Sob老师8月份有Gromacs的培训。

gmx不能用反应力场

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-5 11:18:31

biogon 发表于 2020-7-5 11:17
gmx不能用反应力场

好的谢谢。

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-5 11:59:10

biogon 发表于 2020-7-5 11:17
gmx不能用反应力场

多问一句，NAMD是否也可以实现，也需要反应力场吗

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-7-5 13:16:56

孙宝刚发表于 2020-7-5 11:59
多问一句，NAMD是否也可以实现，也需要反应力场吗

你没有描述清楚你的体系，谁也说不清楚能不能用

配位键很多情况下用经典力场中的经典+范德华力也能半定量的描述，这种情况下做起来就比较容易

关键是你要有计算方面的知识

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-5 14:07:15

一般来说基于非反应力场的动力学程序都不行，包括GROMACS。

至于什么能行，看体系大小、需要模拟的具体问题、时间长度等。诸如体系不是特别大，模拟时间不是特别长，可以用诸如CP2K跑DFT的AIMD，CP2K也支持速度很快的GFN-xTB（半经验层面的DFT），模拟当前问题完全可以。

a1063021280 · 发表于 Post on 2021-10-23 00:38:40

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sobereva · 发表于 Post on 2021-10-23 03:42:12

a1063021280 发表于 2021-10-23 00:38
老师那如果我想计算在一个势能交叉点，多大比例沿着原来路径，多大比例发生ISC需要用到什么软件？您的高 ...

Newton-X、SHARC等非绝热动力学程序
可能有可能没有

a1063021280 · 发表于 Post on 2021-10-23 19:51:52

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