clayff力场和spc水能量最小化做不出来，没有报错也没有运行

木林森 · 发表于 Post on 2020-7-7 21:48:37

em.mdp (337 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 17)

kao.itp (52.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

kao-water.top (280 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 29)

spc.itp (560 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 12)

my.err (11.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)
最近在做能量最小化，使用的是clayff力场和spc水，提交作业后不能运行。在err文件中也没有报错信息提示，
只有这个提示：
NOTE 1 [file kao-water.top, line 20]:
  System has non-zero total charge: 0.000154
  Total charge should normally be an integer. See
  http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic
  for discussion on how close it should be to an integer.

求助各位高手解决方案。

thanhtam · 发表于 Post on 2020-7-7 22:23:51

提示说的很清楚

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-8 02:19:33

若无特殊情况不要用那么老的gmx版本，换成新版本再试，而且运行速度也快得多

木林森 · 发表于 Post on 2020-7-8 09:36:06

sobereva 发表于 2020-7-8 02:19
若无特殊情况不要用那么老的gmx版本，换成新版本再试，而且运行速度也快得多

谢谢sob老师，我试过507版本的gmx，依旧是同样的提示信息

木林森 · 发表于 Post on 2020-7-8 09:36:39

thanhtam 发表于 2020-7-7 22:23
提示说的很清楚

那请问这种问题应该如何解决，还请不吝赐教

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-9 07:13:29

这个提示和出错并没有必然关系，其它地方找原因
这个提示只不过是说原子电荷设定不够理想，诸如记录精度低等问题所致，使得盒子内原子电荷加和不是严格整数，然而并不会直接导致报错。要知道这只是个note，连warning都不是

木林森 · 发表于 Post on 2020-7-9 10:21:06

sobereva 发表于 2020-7-9 07:13
这个提示和出错并没有必然关系，其它地方找原因
这个提示只不过是说原子电荷设定不够理想，诸如记录精度低 ...

好的，谢谢sob老师，我再试试

活性炭 · 发表于 Post on 2021-12-18 09:23:17

您好，看了您的帖子用clayff，方便分享一下您转化到GROMACS下的clayff吗？多谢！

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-12-18 12:07:47

活性炭发表于 2021-12-18 09:23
您好，看了您的帖子用clayff，方便分享一下您转化到GROMACS下的clayff吗？多谢！

clayff的参数很简单，把原文的单位转化一下，选个力场参数文件（比如amber.ff）对照着参考一下写进top里就行，LJ参数参考ffnonbonded.itp的[atomtypes]部分，键长键角参数参考ffbonded.itp的[bondtypes], [angletypes]部分。

活性炭 · 发表于 Post on 2021-12-18 14:58:21

Lacrimosa 发表于 2021-12-18 12:07
clayff的参数很简单，把原文的单位转化一下，选个力场参数文件（比如amber.ff）对照着参考一下写进top里 ...

好的，明白了，多谢！

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