pdb2gmx处理dmso出错问题

961106 · 发表于 Post on 2020-7-7 22:15:24

老师您好，我看了charmm36力场的rtp里有对DMSO的定义，于是对应修改了DMSO小分子的pdb文件里的原子类型的信息，可是用pdb2gmx得到DMSO的topol信息时报错There were 6 missing atoms in molecule Other_chain_X, if you want to use this incomplete topology anyhow, use the option -missing。我看了是6个氢原子无法找到，可是我已经对应rtp文件修改了原子信息，所以请问老师是怎么回事呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-8 03:17:35

pdb里记录的是原子名，而不是原子类型
没完整的文件和具体运行命令不好说

961106 · 发表于 Post on 2020-7-8 09:38:45

sobereva 发表于 2020-7-8 03:17
pdb里记录的是原子名，而不是原子类型
没完整的文件和具体运行命令不好说

谢谢老师，这是我的命令是gmx pdb2gmx -f DMSO.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh
pdb文件信息是:
CRYST1  101.984 44.884 58.022  90.00  90.00  90.00 P 1          1
ATOM    1  S2  DMSOX 1    6.581  24.592  17.165  1.00  0.00          S
ATOM    2  O1  DMSOX 1    6.255  24.607  15.718  1.00  0.00          O
ATOM    3  C3  DMSOX 1    8.000  25.498  17.464  1.00  0.00          C
ATOM    4  C7  DMSOX 1    5.450  25.513  18.066  1.00  0.00          C
ATOM    5  H4  DMSOX 1    8.827  25.045  16.958  1.00  0.00          H
ATOM    6  H5  DMSOX 1    8.192  25.549  18.515  1.00  0.00          H
ATOM    7  H6  DMSOX 1    7.866  26.494  17.096  1.00  0.00          H
ATOM    8  H8  DMSOX 1    4.480  25.068  17.983  1.00  0.00          H
ATOM    9  H9  DMSOX 1    5.427  26.522  17.710  1.00  0.00          H
ATOM    10  H10 DMSOX 1    5.745  25.524  19.095  1.00  0.00          H
END麻烦老师看一下这是什么问题，谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-9 07:07:53

961106 发表于 2020-7-8 09:38
谢谢老师，这是我的命令是gmx pdb2gmx -f DMSO.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh
pdb文件信息是: ...

你怎么能写-ignh
你都刻意让pdb文件里的原子名和rtp里的对应了，你还写-ignh把氢给忽略了，pdb2gmx当然找不到氢

961106 · 发表于 Post on 2020-7-9 09:18:50

sobereva 发表于 2020-7-9 07:07
你怎么能写-ignh
你都刻意让pdb文件里的原子名和rtp里的对应了，你还写-ignh把氢给忽略了，pdb2gmx当然 ...

谢谢老师，去了ignh后就解决了！

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