求助 Gromacs mdp命令参数确认

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-16 22:32:07

本帖最后由风飞于 2020-7-17 00:40 编辑

老师，
   我打算研究甲苯和水之间的弱相互随着温度（0K-373K）的变化动力学，
   问题1：我的体系设置为20个Toluene  和300个H2O  体系会不会偏小呢？
   问题2：请问老师我的mdp命令是否合适呢？
   具体步骤如下
   1. 采用packmol构建一个含有20个甲苯和300个水的盒子，命令如下

   2.构建mix.gro文件: gmx editconf -f mix.pdb -o mix.gro
   3.能量极小化： gmx grompp -f em.mdp -c mix.gro -p mix.top-o em.tpr -maxwarn 1
      gmxmdrun -deffnm em -v
      em.mdp的命令如下

em.mdp (390 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 28)
4. 产生相平衡温度从0K升温到373K 用时300ps
gmx grompp -f eq.mdp -c em.gro-p mix.top -o eq.tpr -maxwarn 1

gmx mdrun -deffnm eq -v

eq.mdp的命令如下

eq.mdp (671 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 52)
5. 产生相MD
   gmx grompp -f prod.mdp -ceq.gro -t eq.cpt -p mix.top -o prod.tpr -maxwarn 1
   gmxmdrun -deffnm prod -v
   prod.mdp的命令如下

prod.mdp (558 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 39)

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-17 09:37:11

1 取决于具体想研究的情况。模型怎么搭纯粹看研究目的

eq阶段不要用柔性水

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-17 10:33:12

sobereva 发表于 2020-7-17 09:37
1 取决于具体想研究的情况。模型怎么搭纯粹看研究目的

eq阶段不要用柔性水

好的谢谢老师

bobosiji · 发表于 Post on 2020-7-17 11:06:08

sobereva 发表于 2020-7-17 09:37
1 取决于具体想研究的情况。模型怎么搭纯粹看研究目的

eq阶段不要用柔性水

楼主问"甲苯和水之间的弱相互": 这个用Classical MD做合适么？或者说，
现在的Classical MD FF描述弱相互作用的准确度如何？
可极化力场呢？多谢提点~

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-18 10:54:20

bobosiji 发表于 2020-7-17 11:06
楼主问"甲苯和水之间的弱相互": 这个用Classical MD做合适么？或者说，
现在的Classical MD FF描述弱相 ...

太适合了
没必要用可极化力场

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