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[新手求助] 单茂配合物过渡态中,茂环的旋转问题

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本帖最后由 双黄蛋 于 2020-7-18 00:08 编辑

寻找烯烃配位到单茂金属配合物上的过渡态,由于茂环不是对称的,环戊二烯上取代了四个甲基和一个三甲基硅基,我在寻找过渡态时,发现茂环并没有沿着茂环中点与中心金属的连线转动,尽管这样找出来的过渡态的振动方向和IRC都符合预期。除此之外,我还研究茚和芴的配合物,且茚和芴上的一些位置也有取代基。本人已将out文件上传[由于文件大小限制不得不压缩后上传],优化了80多步,但没见茂环转动。
请问我该如何解决这一问题?如何确定茂环合适的位置?求解答,不胜感激。

QQ截图20200718000746.png (79.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

QQ截图20200718000746.png

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受文件大小原因,不得不压缩后上传

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发表于 Post on 2020-7-18 10:53:36 | 只看该作者 Only view this author
当前过渡态没问题。搞不懂你为什么执着于让茂环旋转
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-18 16:32:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 双黄蛋 于 2020-7-18 16:53 编辑
sobereva 发表于 2020-7-18 10:53
当前过渡态没问题。搞不懂你为什么执着于让茂环旋转

感谢老师的回复。是这样的老师,我需要确定当前过渡态位于能量最低点(或接近于最低点)。我要对比不同的茂环引发单体聚合时的自由能。假如茂环A由于旋转角度不当导致能量偏高且误差较大,而茂环B旋转角度合适导致能量在允许的误差范围内,导致没法对比。
当前这个茂环位阻不怎么大,旋转角度对能量的影响可能在误差范围内。而接下来我还需要研究茚和芴的配合物,且茚和芴都带有取代基,在这么大位阻下我就得考虑旋转的问题了。附:配体的图片,以及茚和芴配合物寻找过渡态后的out文件。

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发表于 Post on 2020-7-19 12:49:26 | 只看该作者 Only view this author
双黄蛋 发表于 2020-7-18 16:32
感谢老师的回复。是这样的老师,我需要确定当前过渡态位于能量最低点(或接近于最低点)。我要对比不同的茂 ...

我现在太忙没时间仔细看。你可以找过渡态摆初猜的时候把茂环转成不同角度,分别优化过渡态,看哪种情况下算出来的势垒最低,没准哪种方式反应就是最接近现实情况的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-20 11:07:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-19 12:49
我现在太忙没时间仔细看。你可以找过渡态摆初猜的时候把茂环转成不同角度,分别优化过渡态,看哪种情况下 ...

谢谢老师。我后来又找到了一篇相近的文献,文献介绍的操作也是调整茂环角度尝试的。确实如老师所说,尝试几个角度。

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