求助，gromacs计算空间分布函数时出现segmentation fault

风起时想你 · 发表于 Post on 2020-7-22 22:39:40

采用如下命令计算空间分布函数时，出现segmentation fault（core dumped）:
gmx spatial -f prod.xtc -s prod.tpr -bin 0.02 -n index.ndx
将0.02改为0.05就运行成功了。
请教老师，这是什么原因呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-23 00:32:19

较大可能是内存不足。可以找个内存大的机子再试试
倒是建议考虑用VMD的volmap来生成sdf，由于volmap支持展宽函数，不用很小的格点间距就可以得到较平滑的等值面

风起时想你 · 发表于 Post on 2020-7-23 11:11:09

sobereva 发表于 2020-7-23 00:32
较大可能是内存不足。可以找个内存大的机子再试试
倒是建议考虑用VMD的volmap来生成sdf，由于volmap支持展 ...

感谢老师的解答。

风起时想你 · 发表于 Post on 2020-7-23 18:21:03

本帖最后由风起时想你于 2020-7-23 18:26 编辑

sobereva 发表于 2020-7-23 00:32
较大可能是内存不足。可以找个内存大的机子再试试
倒是建议考虑用VMD的volmap来生成sdf，由于volmap支持展 ...

老师，我还请教一个问题：在计算空间分布函数时，产生相模拟了1ns，然后得到的图很乱；增大模拟时间到10ns，结果得到的cube文件导入到VMD中，显示不合理：1的cube，等值面范围负值-0；2的cube，没有等值面显示。请教老师，这是什么原因？（采用命令：gmx spatial -f prod.xtc -s prod.tpr -bin 0.05 -n index.ndx）

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-24 07:42:09

风起时想你发表于 2020-7-23 18:21
老师，我还请教一个问题：在计算空间分布函数时，产生相模拟了1ns，然后得到的图很乱；增大模拟时间到10n ...

8成是在gmx spatial里的输入不合理，或者轨迹保存间隔设置有问题。

如果你模拟的是纯水，10ns至少能看出模样

风起时想你 · 发表于 Post on 2020-7-24 10:31:25

sobereva 发表于 2020-7-24 07:42
8成是在gmx spatial里的输入不合理，或者轨迹保存间隔设置有问题。

如果你模拟的是纯水，10ns至少能看 ...

老师，如果模拟10ns的话，轨迹保存间隔一般设置为多少合理呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-25 00:05:01

风起时想你发表于 2020-7-24 10:31
老师，如果模拟10ns的话，轨迹保存间隔一般设置为多少合理呢？

nstxout-compressed = 500

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