求助福井函数在局域分子表面的分布

Daniel_Arndt

我尝试使用仿照Multiwfn手册4.12.4节“Fukui function distribution on local molecular surface of phenol”研究f0。我用的操作步骤如下，在第一个Multiwfn中打开N.wfn，依次选择“12 Quantitative analysis of molecular surface”、“2 Select mapped function, current: Electrostatic potential (ESP)”、“0 Function from external file”、“1 Select the way to define surface, current: Electron density, iso:  0.00100”、“1 Isosurface of electron density”，然后根据手册上的提示输入“0.01”，然后“0 Start analysis now!”。在出现surfptpos.txt文件后，我在第二个Multiwfn中打开N+1.wfn，然后依次选择“5 Output and plot specific property within a spatial region (calc. grid data)”、“0 Set custom operation”，然后输入“1”，接着输入“-,N-1.wfn”，依次选择“1 Electron density”、“100 Load a set of points from external file”，然后输入“surfptpos.txt”、“t.txt”，接着关闭第二个Multiwfn，在第一个Multiwfn中输入“t.txt”，然后选择“11 Output surface properties of each atom”，然后把输出中自“  Atom#   All/Positive/Negative average       All/Positive/Negative variance”开始的部分复制到了一个文本文件中。

我有两个问题。第一个是关于数据处理的，既然f0的表达式里面有1/2这个系数，我直接把以上得到的结果中的第二列、第三列、第四列的数值除以2，是不是就可以得到我想要的数据？我粗略地写了个awk脚本附在后面。第二个问题是这样的，我想知道手册中0.01 a.u.这个等值面是怎么试出来的，或者说，能不能换用其他的等值面？

f0.awk (384 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

2020-7-23 07:42 上传 Uploaded

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sobereva

是的。自行除以2即可
此处电子密度等值面数值是测试出来的比较合适的，太大或太小都可能导致不同原子位点的福井函数区分度不高。如果对当前体系你发现有更适合的也可以用你自己的。

Daniel_Arndt

sobereva 发表于 2020-7-23 14:51
是的。自行除以2即可
此处电子密度等值面数值是测试出来的比较合适的，太大或太小都可能导致不同原子位点 ...

非常感谢社长的意见！