关于rvdw、rlist、rcoulomb的问题

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-27 10:48:24

在网上看到关于截断的讨论，但是并没有得到准确的答案，请老师指点。
当rlist<rvdw、rcoulomb时是双程截断，在rlist以内计算短程力（成键能），在rwdw与rcoulomb以内计算范德华力与静电力。当使用PME方法时为什么要保证rlist=rcoulbom。nstlist的意义又何在，范德华力的开关函数是通过rvdw-switch=0/1设置吗。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-28 06:18:25

用PME这种考虑无穷远距离静电作用的方法就没有截断的概念了，rcoulomb只是用来划分计算时的实空间和倒易空间部分。根本没有rlist=rcoulomb这个要求。网上很多讨论都是过时或者错误的，不要盲目相信。

没有“成键能”这种用词。你当前的问题纯粹是非键作用范畴的

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-28 07:02:40

sobereva 发表于 2020-7-28 06:18
用PME这种考虑无穷远距离静电作用的方法就没有截断的概念了，rcoulomb只是用来划分计算时的实空间和倒易空 ...

rvdw的意思是在半径以内计算范德华力吗。既然rvdw与rcoulomb已经对范德华与静电力非键作用进行了定义，那rlist的意义何在。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-29 03:15:53

孙宝刚发表于 2020-7-28 07:02
rvdw的意思是在半径以内计算范德华力吗。既然rvdw与rcoulomb已经对范德华与静电力非键作用进行了定义，那 ...

你先搞清楚ewald是什么
rvdw如何影响结果明显取决于非键作用的计算算法，即vdwtype

你对概念的理解一团糟。仔细看看leach的分子模拟书，以及gmx手册里对非键作用计算方面的介绍

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