求助庚烷+萃取剂分子两相体系力场选择问题

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-27 19:16:05

在一篇文献的补充资料看到“The water and heptane molecules (the principal component in kerosene organic phase) were represented explicitly at the molecular level with the TIP3P and the CHARMM additive and classical Drude force fields in consideration of atomic polarizability, respectively. The corresponding CHARMM atom types and atomic charges of water and heptane are given in Table S1.”这句话的意思为水采用CHARMM力场，庚烷分子采用Drude极化力场的意思吗？
文献利用NAMD对庚烷中萃取剂对水相中Lu3+的萃取进行了经典动力学模拟。请问什么时候应该采用极化力场，Gromac可以使用极化力场吗？

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-27 20:30:51

水与有机相（庚烷+萃取剂分子）的两相体系用什么力场合适呢

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-28 06:29:47

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充

通常用OPLS-AA、GAFF、CGenFF模拟这种体系就够了。那叫“可极化力场”不叫“极化力场”
GROMACS里只能用Drude方式描述可极化效应
TIP3P水模型已经直接定义了水的参数，并非用CHARMM描述水。文献表达得不太准确

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-28 06:56:03

sobereva 发表于 2020-7-28 06:29
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充

通常用OPLS-AA、GAF ...

好的，下次会注意。请问老师他文中表达的意思是对庚烷分子使用了极化力场吗。但是在gromacs的文件中并没有看到这个力场，应该怎么使用呢。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-28 06:57:36

孙宝刚发表于 2020-7-28 06:56
好的，下次会注意。请问老师他文中表达的意思是对庚烷分子使用了极化力场吗。但是在gromacs的文件中并没 ...

http://mackerell.umaryland.edu/charmm_drude_ff.shtml

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[NAMD] 求助庚烷+萃取剂分子两相体系力场选择问题

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