液液两相体系NPT系综压力问题

孙宝刚

我对液液两相体系做的NPT系综的npt.mdp文件如下设置压力为1bar（保持xy面积不变）。进行了1ns模拟，但是最终pressure.xvg显示压力在-500左右，这是什么原因请老师指点。

title                   = OPLS Lysozyme NPT equilibration
define  = -DPOSRES_58C0AND
; Run parameters
integrator              = md        
nsteps                  = 1000000   
dt                      = 0.001     
; Output control
nstxout                 = 500      
nstvout                 = 500      
nstenergy               = 500      
nstlog                  = 500      
; Bond parameters
continuation            = no        
constraint_algorithm    = shake     
constraints             = h-bonds   
lincs_iter              = 1         
lincs_order             = 4         
; Nonbonded settings
cutoff-scheme           = Verlet   
ns_type                 = grid      
nstlist                 = 10        
rcoulomb                = 1.0      
rvdw                    = 1.0      
DispCorr                = EnerPres  
; Electrostatics
coulombtype             = PME      
pme_order               = 4         
fourierspacing          = 0.16      
; Temperature coupling is on
tcoupl                  = V-rescale        
tc-grps                 = system  
tau_t                   = 0.1              
ref_t                   = 300              
; Pressure coupling is on
pcoupl                  = Berendsen      
pcoupltype              = semiisotropic   
tau_p                   = 10               
ref_p                   = 1.0 1.0         
compressibility         = 0  4.5e-10      
refcoord_scaling        = com
; Periodic boundary conditions
pbc                     = xyz      
; Velocity generatio
gen_vel                 = no        

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我也做过保持xy方向大小不变，在z方向用npt压缩到合理密度。
我觉得你可以分别输出xyz三个方向的压力看一下。因为限制了xy方向，可能x和y方向没有压缩到位，也就是说x和y方向的压力不一定会接近1bar，可能是某负值。但是z方向会接近1bar，而三个方向压力取平均的结果就是你现在看到的-500。
另外我发现，保持xy方向不变，z方向用npt压缩的时候，往往体系得不到实际的合理密度，总觉得限制两个方向的npt这个方式不是很合理，期待大佬解答

孙宝刚

loading 发表于 2020-7-28 17:04
我也做过保持xy方向大小不变，在z方向用npt压缩到合理密度。
我觉得你可以分别输出xyz三个方向的压力看一 ...

找到原因了，z方向压缩系数不知道怎么设成4.5e-10了，导致盒子不压缩P保持不变，相当于做了个NVT