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[GROMACS] 求助向体系加入LU离子报错

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我从参考文献中获得了LU离子的参数,修改了ffnonbond.itp和ions.itp后进行em时报错,请老师指点是哪里的问题。参考文献参数,以及ffnonbonds.itp的修改如下图。


$[KHBA45AJ$)IS]%]WIRG@A.png (13.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

参考文献LU离子参数

参考文献LU离子参数

M$732QUXSS5J)$U($%I$_TL.png (25.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

对ffnonbonds.itp的修改

对ffnonbonds.itp的修改

1BM0`W)`3LBEREY3QIY@YMJ.png (65.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

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发表于 Post on 2020-7-30 00:18:53 | 只看该作者 Only view this author
ffnonbonded.itp没显著问题
简化体系、调整mdp参数,反复尝试,总能弄清楚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-30 09:22:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-30 00:18
ffnonbonded.itp没显著问题
简化体系、调整mdp参数,反复尝试,总能弄清楚

老师 我试着将LU离子换为NA离子可以正常运行,是不是LU离子参数设置有问题,LU的ε为负,而文件其他参数都是正值。请老师指点

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发表于 Post on 2020-7-31 01:42:57 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-7-30 09:22
老师 我试着将LU离子换为NA离子可以正常运行,是不是LU离子参数设置有问题,LU的ε为负,而文件其他参数 ...

可能是文献里对epsilon用的正负号习俗和gmx不同
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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