请教如何建立酶-底物模型比较好

azero · 发表于 Post on 2020-8-7 22:04:02

有几种酶，需要建立蛋白-配体模型。配体都是各种各样的多糖，例如附图。
以前对接过纤维素酶-纤维素，感觉多糖对接效果并不好。

这几种酶对应的同源蛋白具有酶-底物的晶体结构
请教以下两种方案该建立酶-底物模型比较好？
1. modller 直接同源建立酶-底物模型
2. modller先同源建立蛋白的模型，再进行分子对接

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-8-7 22:14:15

本帖最后由 wuzhiyi 于 2020-8-7 22:15 编辑

modeller
都行取决于你对于同源结构底物的位置有多确定
对接本来就是没有办法的办法只要底物位置不是太离谱一般跑跑就过去了

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[综合交流] 请教如何建立酶-底物模型比较好