求助gromacs力场文件ffnonbonded中的电荷和质量问题

lqhenwunai

大家好，请问一下，

我看了一下gromos53a6.ff力场中的ffnonbonded.itp


[ atomtypes ]
;name  at.num   mass      charge  ptype       c6           c12
    O    8      0.000      0.000     A  0.0022619536       1e-06
   OM    8      0.000      0.000     A  0.0022619536  7.4149321e-07
   OA    8      0.000      0.000     A  0.0022619536  1.505529e-06


请问这里为什么质量和电荷都是0呢？是因为用的是LJ势，所以与质量和电荷无关，因此都设为0 么？

另外请问一下这里的charge是不是跟一般量化里提到的partial charge没有关系？我在另一个力场文件里看到O的charge是1.38610，而C的charge是 2.35018


谢谢。

sobereva

[atoms]里如果没定义原子的质量/电荷信息才会使用这里的。由于平时都直接在[atoms]里定义，所以这些信息不需要定义，而且本来原子电荷也不是取决于原子类型，定义了也没任何实际意义。

此处charge就是一般说的原子电荷（atomic charge）或原子的partial charge（分数电荷）。现有文件里的数值是否合理结合实际情况和基本理论知识判断。

naoki

[ atomtypes ]里定义的电荷是0也无所谓
模拟时调用的是[ atoms ]字段的电荷