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[GROMACS] 关于在同一段轨迹中分别考察一分子不同构象与溶剂的作用

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楼主
比如某分子在水中,10%的浓度下跑了10ns的轨迹,其中同时存在着比如构象1、构象2等等。请问在GMX中有办法可以在同一段轨迹中,分别考虑不同构象与水的作用吗?比如构象1,构象2分别与水形成的氢键个数或RDF等等。如果不可以的话,有没有现成的分析程序可以达到这样的效果,还是必须要自己写程序呢?

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发表于 Post on 2020-8-30 06:39:30 | 只看该作者 Only view this author
可以用gmx cluster做簇分析,获得构象1、2对应的帧号
gmx2020里增加了个extract-cluster命令可以把gmx cluster得到的簇对应的帧从轨迹中提取出来,之后再自行将两种构象的轨迹分别用rdf、hbond等命令分析
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-31 20:47:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-30 06:39
可以用gmx cluster做簇分析,获得构象1、2对应的帧号
gmx2020里增加了个extract-cluster命令可以把gmx clu ...

但假如是小分子,存在两种构象的变化,有10%的浓度,这样还可以用clustet分析吗?我觉得是不是不太行?

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发表于 Post on 2020-9-1 19:16:42 | 只看该作者 Only view this author
向往阳光 发表于 2020-8-31 20:47
但假如是小分子,存在两种构象的变化,有10%的浓度,这样还可以用clustet分析吗?我觉得是不是不太行?

当前问题和浓度没有任何直接联系
如果你是指有大批这种小分子,cluster命令不可能对分散的一堆分子来做,只能一个一个做
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-2 14:07:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-1 19:16
当前问题和浓度没有任何直接联系
如果你是指有大批这种小分子,cluster命令不可能对分散的一堆分子来做 ...

哦我懂了,谢谢sob老师

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