请问关于gromacs top文件里的polarization

lqhenwunai

大家好，

在这个链接里http://manual.gromacs.org/curren ... s/polarization.html，介绍了polarization的用法：

[ polarization ]
; Atom i  j  type  alpha
1         2  1     0.001

请问Atom i j指的是原子 i和j吗？

按照链接里文献45中的内容所示（如下图），弹簧两端不在原子上。

所以想请问一下，1和2 指的是什么？

谢谢大家的帮助