[GROMACS] 请问关于gromacs top文件里的polarization

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lqhenwunai

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发表于 Post on 2020-9-3 14:35:38 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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大家好，

在这个链接里http://manual.gromacs.org/curren ... s/polarization.html，介绍了polarization的用法：

[ polarization ]
; Atom i j type alpha
1 2 1 0.001

请问Atom i j指的是原子 i和j吗？

按照链接里文献45中的内容所示（如下图），弹簧两端不在原子上。

所以想请问一下，1和2 指的是什么？

谢谢大家的帮助

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