求助关于系统自由结合能的计算/mmpbsa

shenq · 发表于 Post on 2020-9-7 13:06:02

各位老师，我使用GROMACS后进行模拟后，想对系统的结合能进行计算，我的系统中包括蒙脱石、改性剂、酚类污染物、水分子，想咨询老师们我能否使用mmpbsa方法进行结合能的计算，若不能，请问有没有什么合适的方法推荐。谢谢各位老师。

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-9-7 15:19:43

本帖最后由 DoubeeTwT 于 2020-9-7 15:24 编辑

具体我不敢保证
但是mmpbsa需要你给它你的ligand和receptor是什么，你这个体系那么多，不知道你想算哪个结合能
应该是只能算一组和一组的结合能

如果你要算多个之间两两之间的结合能可能需要一组一组算然后
eg. 体系（A+B+C）E(A-B) E(A-C) E(B-C)

shenq · 发表于 Post on 2020-9-11 17:05:07

DoubeeTwT 发表于 2020-9-7 15:19
具体我不敢保证
但是mmpbsa需要你给它你的ligand和receptor是什么，你这个体系那么多，不知道你想算哪个结 ...

谢谢老师，我想计算的就是“酚类污染物进入到含有水分子和改性剂的蒙脱石层间”这个过程的结合能，一直没有找到合适的方法。

shenq · 发表于 Post on 2020-9-11 17:06:07

DoubeeTwT 发表于 2020-9-7 15:19
具体我不敢保证
但是mmpbsa需要你给它你的ligand和receptor是什么，你这个体系那么多，不知道你想算哪个结 ...

我阅读资料的时候，发现到mmpbsa方法都用于蛋白配体这类物质的计算，不知道我这个体系能不能用

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-9-12 22:22:30

shenq 发表于 2020-9-11 17:06
我阅读资料的时候，发现到mmpbsa方法都用于蛋白配体这类物质的计算，不知道我这个体系能不能用

确实，正如你所说，这个在蛋白质配体结合中运用较多
对于你这个体系我的理解是，你可以将酚类物质看作配体，其他剩余的部分看作蛋白质，然后使用mmpbsa计算。毕竟方法服务于目的，并没有明确的规定说一定是蛋白配体才行，mmpbsa的本质就是计算A和B的结合自由能E(A+B)-E(A)-E(B),只要你给定的A和B合理，方法就是可以使用的。

shenq · 发表于 Post on 2020-9-18 20:21:21

DoubeeTwT 发表于 2020-9-12 22:22
确实，正如你所说，这个在蛋白质配体结合中运用较多
对于你这个体系我的理解是，你可以将酚类物质看作配 ...

谢谢老师的帮助，对我的帮助很大

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