回复审稿意见，请问老师们一些参考。

laopai

各位老师：[url=]Color[/url] 我的是纯有机体系，做的是有机机理，关于过渡态自由能方面的问题 (1) 做结构优化及振动分析采用的是: B3LYP-D3(BJ) methodwith 6-31 G (d, p) 溶剂模型是IEFPCM (2) 基与这个优化结构计算单点能则采用的是 M062x-D3/def2-TZVP  溶剂模型是IEFPCM (3)计算溶剂自由能则采用的是： M062X/6-31g (d)   溶剂模型是IEFPCM 自由能采用的是(1)矫正+（2）scf done 电子能 +（3）溶剂溶解能 现在有两位审稿人的意见如下： 一位是问：为什么采用不同的泛函做结构优化和能量计算。 因为最开始采用M062X的时候找过渡态没有找到，就换成了B3LYP-D3(BJ) ,现在要怎么回答审稿人呢。 另外一位给的意见是： the authors should be aware that free energies (and any other quantity obtained from vibrational frequencies) are only meaningful if computed at the very same level at which the molecular geometry was obtained (see Gaussian manual, or any other QM code's manual for the matter). Otherwise, most likely, the geometry will not be an optimum one, and the computed free energy will not be reliable, which seems to be the case here. This happens because different functionals produce different potential energy surfaces, especially when coupled with different basis sets and/or different formalisms such as SCRF. All inconsistent free energy calculations should be repeated, paying attention to using the same DFT/SCRF method and basis set from geometry optimization to free energy evaluation. In addition, evidence of reliability of the selected methods should be presented, either by performing reference tests or by citing appropriate literature. 这个也是要回答泛函不一致的问题吗，是不是要求重算的意思。如果要重算的话可以不可以把单点能那块用B3LYP-D3(BJ)/6-311 ++ G（d，p）代替重算呢，谢谢大家的意见 感激不尽。

hebrewsnabla

不要重复发帖

laopai

对不起，发错了，这个后面有补充的问题，谢谢老师解答

wuzhiyi

颜色太瞎眼了
频率要和优化用一个基组方法
建议重算 加大基组搞不好就找到了

laopai

wuzhiyi 发表于 2020-9-7 23:38
颜色太瞎眼了
频率要和优化用一个基组方法
建议重算 加大基组搞不好就找到了

不好意思，第一次发，不太会。
谢谢老师，我频率和优化是用一样的，只是后面基与这个结构算单点能的时候用的M062x那个泛函
那么可以把算单点能那块改成B那个泛函，而不改动优化和振动分析的吗。

Icestone

(1) 我怀疑你遇到了外行；
(2) 绿色的背景实在难受；
(3) 虽然在理论上优化和算单点用不同的泛函是可以的(关键是你文章的有机分子是否适合B3LYP来优化！请参考http://sobereva.com/557)，但是部分审稿人就是会揪着这个问题，建议泛函还是要统一；
(4) 个人觉得是可以用6-311++g(d,p)来替代的，至于需不需给H加弥散需要根据你的体系了！