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楼主 Author: sobereva
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[Gaussian/gview] 在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法

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发表于 Post on 2025-3-31 10:02:46 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2025-3-31 08:23
感谢老师答疑,只有较低的振动模式可以显示,71以上的振动模式,确实无法显示。

就是箭头太短了,我用你的文件画出来71号模式完全没有问题。脚本前面加了
  1. if {[info exist x]} {unset x}
复制代码
。楼上已经说了解决方案,增加箭头的长度,卢老师博文里也说的很清楚。用norm 71 10命令画出来如下。

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发表于 Post on 2025-4-7 11:57:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 好兄弟 于 2025-4-26 17:12 编辑
snljty2 发表于 2025-3-31 10:02
就是箭头太短了,我用你的文件画出来71号模式完全没有问题。脚本前面加了 。楼上已经说了解决方案,增加 ...
感谢老师,已成功绘制。

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发表于 Post on 2025-4-14 23:23:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-22 16:01
本文的脚本是给Gaussian输出文件用的,OfakeG转换的情况不在考虑范围内

卢老师您好,ORCA输出的OUT文件,对于这个脚本可以画振动矢量图么?我按照教程,VMD里输入source GauNorm.tcl的时候,就显示can't read "iatm": no such variable,不知道是什么原因,是因为只支持高斯的输出文件么?ORCA的需要怎么来画好看的振动矢量图呢?希望能得到老师的解答,非常感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-15 04:17:45 | 只看该作者 Only view this author
hu520130 发表于 2025-4-14 23:23
卢老师您好,ORCA输出的OUT文件,对于这个脚本可以画振动矢量图么?我按照教程,VMD里输入source GauNorm ...

将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/422http://bbs.keinsci.com/thread-10141-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-4-15 10:53:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-15 04:17
将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/422(http://bbs.keinsci.c ...

谢谢卢老师!

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发表于 Post on 2025-6-19 12:49:03 | 只看该作者 Only view this author
老师绘制振动矢量图所选的模式是选择重组能较大的还是黄昆因子较大的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-19 14:20:11 | 只看该作者 Only view this author
身在盘丝洞 发表于 2025-6-19 12:49
老师绘制振动矢量图所选的模式是选择重组能较大的还是黄昆因子较大的?

纯粹取决于你的目的。没头没尾问这么一个问题别人没法回答
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2025-6-19 15:46:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-19 14:20
纯粹取决于你的目的。没头没尾问这么一个问题别人没法回答

谢谢老师,我想用来看一下不同分子非辐射跃迁不同导致荧光量子产率不同这方面的,不知道该按照哪一个来。
请问老师,重组能和黄昆因子都分别解释什么方面比较好

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