求助：GROMACS中从高斯view得到PDB坐标文件对应力场中的原子

weiyi8061225 · 发表于 Post on 2020-9-11 21:12:01

大家好，我之前在力场中加了一个配体质子化和去质子化的参数（电荷啥的都拟合好了），后来用高斯view做了一个质子化和去质子化的二聚体，但是做出来的只有坐标文件，原子类型都不一样，我怎么才能将用高斯view中做出来的坐标文件中的原子和我力场中的原子对应呢？因为原子有点多，一个一个对应太复杂了，所以想问一下大家有什么方法对应过去，非常感谢大家！

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-12 04:22:16

我不知道你所说的力场是什么形式、什么格式、怎么记录的配体的信息，没法简单回复。
诸如如果你是用acpype、ligpargen之类的程序构建的配体的拓扑文件，把质子化和去质子化的情况也都用同样流程得到相应的拓扑文件就完了。

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-9-12 22:29:43

用高斯View做好的质子化和去质子化的结构再重头构建一遍力场文件

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