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[Amber] 求助:packmol与amber联用的问题

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本帖最后由 任嘉人amber 于 2020-9-13 21:50 编辑

各位老师好,我用packmol构建了一个1:54的体系,packmol已经成功给出了我pdb,我看结构也是合理的,接着我用tleap直接载入这个packmol给我生成的pdb以及相关的力场参数,得到了prmtop和inpcrd文件,问题1:但是在跑动力学模拟的时候,第一步最小化就报了这个错,想问一下各位老师这是什么原因,我该怎么解决呢?
问题2:setbox和solvatebox有什么区别呢?


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发表于 Post on 2020-9-14 06:31:31 | 只看该作者 Only view this author
packmol默认是不产生盒子信息的,用add_box_sides才能产生盒子信息,下文提了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

但即便是载入含有盒子信息(CRYST1字段)的pdb,leap也未必会将之视为当前的盒子信息(具体我忘了),没盒子的话,你又用ewald或其变体算非键作用,肯定是不行的。

setbox仅仅是设盒子,而solvatebox在创建盒子的同时还可以往真空区添加溶剂,也可以只往之前盒子的真空区域填充溶剂。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-14 10:42:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-14 06:31
packmol默认是不产生盒子信息的,用add_box_sides才能产生盒子信息,下文提了
分子动力学初始结构构建程序 ...

老师,我试了一下在packmol里面加了这个命令add_box_sides,确实还是会出现同样的这个问题,那我应该怎么才能解决这个问题呢,我不太明白设置盒子的意义,只是单纯因为动力学模拟过程中我使用了ewald算非键作用么,这个跟周期性边界条件有关系么?

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发表于 Post on 2020-9-16 09:36:59 | 只看该作者 Only view this author
任嘉人amber 发表于 2020-9-14 10:42
老师,我试了一下在packmol里面加了这个命令add_box_sides,确实还是会出现同样的这个问题,那我应该怎么 ...

动力学模拟基本知识太匮乏



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-18 19:23:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-16 09:36
动力学模拟基本知识太匮乏

谢谢老师

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