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[Material Studio] AC建模的体积大于实际计算体积怎么处理

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请教各位前辈和老师,用AC模块建模1000个N2分子,已设密度,但所得盒子体积大于实际计算的体积,体系比较松散,nvt计算所得压强不准确,请问怎么可以在MS里调整盒子大小?或者有其他方法确定体积?

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发表于 Post on 2020-9-19 12:55:42 | 只看该作者 Only view this author
跑NPT啊
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-19 17:23:58 | 只看该作者 Only view this author

老师,那请问跑NPT的话我的体系压强怎么设置,我的目的是计算体系的压强

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发表于 Post on 2020-9-20 07:38:55 | 只看该作者 Only view this author
如果你要计算特定盒子尺寸下的压强,NVT算出来是多少就是多少,不存在什么“盒子体积大于实际计算的体积,体系比较松散”以及结论“nvt计算所得压强不准确”
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-20 09:27:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-20 07:38
如果你要计算特定盒子尺寸下的压强,NVT算出来是多少就是多少,不存在什么“盒子体积大于实际计算的体积, ...

谢谢sob老师的回复。我用AC建的结构计算同等条件下的压强比实验值小了一半,但用别人例子中的结构计算却是合适的。例子中的结构和我用AC模块建的结构密度都是一样的,但是我的结构比例子结构的体积大,看着比较松散,所以想请教sob老师。应该怎么调整。

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发表于 Post on 2020-9-21 13:01:01 | 只看该作者 Only view this author
小小白 发表于 2020-9-20 09:27
谢谢sob老师的回复。我用AC建的结构计算同等条件下的压强比实验值小了一半,但用别人例子中的结构计算却 ...

我不用ac
packmol比ac灵活强大得多,设个盒子范围,想往里面堆多少就堆多少。盒子的尺寸和分子数都是自己直接控制的

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-21 15:19:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-21 13:01
我不用ac
packmol比ac灵活强大得多,设个盒子范围,想往里面堆多少就堆多少。盒子的尺寸和分子数都是自 ...

嗯嗯,谢谢sob老师,我看看packmol

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