ATB提交出现Details: *** FAILURE TO LOCATE STATIONARY POINT, SCF HAS NOT CONVE...

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-9-24 10:42:03

请问下各位老师，我在ATB提交的文件中出现了下面报错
Your job that was submitted at 04:09:14 on 2020-09-24 (ID 594842) terminated with the following error: Semi-empirical geometry optimisation failed. The most likely cause is that either: (1) the geometry was inappropriate; (2) the number of hydrogen atoms or the net charge was inappropriate. Details: *** FAILURE TO LOCATE STATIONARY POINT, SCF HAS NOT CONVERGED (seems to only fail on step 1)
Depending on the specific nature of the error, template results may be available here. This molecule will be deleted in 7 days.

我用pymol拼接了一段多肽，然后输出带有conect信息的PDB文件，在gaussview里往头基和尾基添加H，然后根据添加的H的坐标更改PDB的原子和conect信息。
下面附上我的上传文件。

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-24 10:51:15

根本没必要自己写connect部分
有一头的质子化的氨基明显少了个氢

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-9-24 16:07:34

sobereva 发表于 2020-9-24 10:51
根本没必要自己写connect部分
有一头的质子化的氨基明显少了个氢

谢谢老师回复，您的观点是对的。我在gaussview里看三个质子化氨都接了三个氢，我在vmd里也找氨与附近的三个氢也是连接上的，可是我用open babel转换成smiles后发现，跟我原来的PDB文件比，的确少了三个氢，我想请问下老师，我在那个氨基上漏了氢呢？我该如何分析这类问题呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-24 19:06:25

干嘛要转换
直接gview里确认结构无误后提交给ATB就完了

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-9-24 21:45:22

sobereva 发表于 2020-9-24 19:06
干嘛要转换
直接gview里确认结构无误后提交给ATB就完了

老师，这是因为我在gview确认无误后上传到ATB中屡次报错，所以我想看看用smile上传会不会不报错，但却发现两个分子式不一致，我后面好好重新检查结构，谢谢老师回复。

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[GROMACS] ATB提交出现Details: *** FAILURE TO LOCATE STATIONARY POINT, SCF HAS NOT CONVE...

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