高丝氨酸残基Hse的AMBER力场参数如何获取？

wei · 发表于 Post on 2020-9-27 10:53:14

如题。现在想用gromacs做一个蛋白的MD,提示没有高丝氨酸残基Hse的AMBER力场参数；请问如何获取这一残基力场参数？ATB网站上似乎都是完整的氨基酸小分子而非氨基酸残基的参数。谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-27 12:53:13

看这里有没有你要的http://vienna-ptm.univie.ac.at/?page_id=98

如果没有，自己编辑rtp文件，在丝氨酸基础之上进行修改成为新的相应的残基。残基的RESP原子电荷可以用Multiwfn计算，下文有拟合残基电荷的例子
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

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[GROMACS] 高丝氨酸残基Hse的AMBER力场参数如何获取？