请问ReaxFF模拟出来的轨迹为什么在VMD中显示不了氢键

li447fan · 发表于 Post on 2020-9-28 21:14:14

1、把轨迹保存成了pdb文件和gro文件，都没有正确显示出来氢键，representations中的设置如图1；且利用extensions-analysis-hydrogenbonds时，会出现list element in braces followed by ":" instead of space list element in braces followed by ":" instead of space while executing "llength $title"那一串error。截距设置4.0，角度设置40度也不可以。请问如何解决呢？
2、是否可以只显示某一帧的氢键呢？因为reaxff模拟出来的轨迹在VMD中键连关系比较混乱，所以保存图片时，希望以某一固定结构时刻的氢键作为示意图，比如一个xyz结构文件的氢键图显示。（pdb文件和gro文件太大了，几个G，不能上传）

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-28 21:31:13

必须让VMD识别出来元素。如果用pdb格式，每一列最后应当有元素信息，确保VMD正确识别出元素。

li447fan · 发表于 Post on 2020-9-28 22:15:48

本帖最后由 li447fan 于 2020-9-28 22:36 编辑

sobereva 发表于 2020-9-28 21:31
必须让VMD识别出来元素。如果用pdb格式，每一列最后应当有元素信息，确保VMD正确识别出元素。

谢谢sob老师，看文本中，最后一列是有写C,H,O元素的。不知道还需要在其他地方设定什么吗？然后氢键分析的截图也贴上了

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-29 11:44:17

把其中一帧pdb压缩后上传，别人看看就知道了

li447fan · 发表于 Post on 2020-9-29 16:36:05

sobereva 发表于 2020-9-29 11:44
把其中一帧pdb压缩后上传，别人看看就知道了

好的，我把轨迹其中的一帧上传

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-30 19:29:23

我就试了mouyizhen.pdb，能正常显示氢键

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