在gromacs中，化合物pdb文件转gro过程出现报错

JasonGu · 发表于 Post on 2020-10-9 20:49:48

本帖最后由 JasonGu 于 2020-10-10 09:19 编辑

一开始用Chemdraw画了一个槲皮素的结构，然后在Chem3D进行优化，然后保存为pdb文件。
在gromacs中输入gmx pdb2gmx -f hupisu.pdb -o hupisu.gro -water spce ，选择CHARMM27力场，出现如下报错。（Fatal error:Residue '' not found in residue topology database）我在想是不是我的pdb文件的问题，但是如果是的话，应该用什么方式去获得这种化合物的结构，可以适用于gromacs呢~

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-10 00:21:57

贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

牧生 · 发表于 Post on 2020-10-10 08:15:51

http://bio2byte.be/acpype/

这才是最好用的工具。

JasonGu · 发表于 Post on 2020-10-10 09:20:30

sobereva 发表于 2020-10-10 00:21
贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里还特 ...

对不起社长，我的错，已修改，不再犯。

JasonGu · 发表于 Post on 2020-10-10 16:55:21

本帖最后由 JasonGu 于 2020-10-10 17:02 编辑

牧生发表于 2020-10-10 08:15
http://bio2byte.be/acpype/

谢谢，我在这个网站输入了我的pdb文件，然后在acpype中又有如下报错，请问这种怎么解决呢？

牧生 · 发表于 Post on 2020-10-10 19:16:46

JasonGu 发表于 2020-10-10 16:55
谢谢，我在这个网站输入了我的pdb文件，然后在acpype中又有如下报错，请问这种怎么解决呢？

我是用MS画出分子结构式，存为pdb格式，再用这个网站转化。

JasonGu · 发表于 Post on 2020-10-12 09:24:50

牧生发表于 2020-10-10 19:16
我是用MS画出分子结构式，存为pdb格式，再用这个网站转化。

好嘞，谢谢您

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-15 06:28:31

JasonGu 发表于 2020-10-10 16:55
谢谢，我在这个网站输入了我的pdb文件，然后在acpype中又有如下报错，请问这种怎么解决呢？

自己机子上安装ambertools和acpype，这样可以如果不成功可以在运行acpype加-d进行调试。详见
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

如果必须用在线的，确保你提交的文件没问题的话，可以直接发给开发者问是怎么回事

呼小怂 · 发表于 Post on 2021-7-14 15:54:00

Residue 'O' not found in residue topology database，这个应该怎么修改？在.rtp文件里不知道怎么修改？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-18 01:48:32

呼小怂发表于 2021-7-14 15:54
Residue 'O' not found in residue topology database，这个应该怎么修改？在.rtp文件里不知道怎么修改？
...

rtp里没有残基名叫O的残基的定义
不说清楚当前情况，体系是什么体系、这个残基是什么残基，谁也没法回答

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[GROMACS] 在gromacs中，化合物pdb文件转gro过程出现报错