跑GROMACS之前关于有机分子结构文件的问题

FMGwenyanhoon

用GROMACS模拟有机体系，需要先去比如https://atb.uq.edu.au/index.py?tab=existing_molecules;
或https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/;
或http://www.chemspider.com/;

寻找所需有机分子的结构文件。然而不同的网站下载得到的结构文件有微小的差别（单点能不一样）。
因此想问一下，跑GROMACS是可以之间无视这些差别，不论在哪个网站下载的都可以直接用，还是需要再优化一下（比如用acpype获得itp文件的时候半经验方法优化的结构文件）？


感觉之间从网站下载的就可以直接用了，不需要用或粗糙或昂贵的方法优化了。但不太肯定，因此问一下老师们。

sobereva

看具体情况

实际MD计算时是基于力场势函数描述分子，初始结构无所谓。而产生拓扑文件的工具有的只依赖于连接关系，有的自动带了优化步骤，所以初始结构相差一些不会对最终拓扑文件，也即实际结果产生影响。但如果产生拓扑信息过程中涉及到量化计算，而且又没有自动做优化的步骤，那显然必须手动先进行优化。

注意pubchem、chemspider等网站上许多结构是通过经验方式基于二维结构自动生成的，有的时候完全定性错误，这种情况绝对不能用。

FMGwenyanhoon

明白您的意思了。谢谢您

FMGwenyanhoon

sobereva 发表于 2020-10-13 17:57
看具体情况

实际MD计算时是基于力场势函数描述分子，初始结构无所谓。而产生拓扑文件的工具有的只依赖于 ...

明白您的意思了。那就是从网站上得到初始结构文件后，需要先根据化学知识进行检查，排雷，先排除定性错误的。然后再根据拓扑信息产生过程判断是否需要优化（那估计绝大多数都不需要优化了）。

然后再问您一下，您说“实际MD计算时是基于力场势函数描述分子，初始结构无所谓。而产生拓扑文件的工具有的只依赖于连接关系，有的自动带了优化步骤，所以初始结构相差一些不会对最终拓扑文件，也即实际结果产生影响”。这个是不是也是，比如用OPC水模型填充的时候可以用tip4p.gro直接填充的原因？而不用再自己画一个OPC.pdb然后NPT平衡个OPC.gro盒子，再用OPC.gro去solvate -cs。原因也是“实际MD计算时是基于力场势函数描述分子，初始结构无所谓”。我理解的对吗

sobereva

FMGwenyanhoon 发表于 2020-10-14 18:14
明白您的意思了。那就是从网站上得到初始结构文件后，需要先根据化学知识进行检查，排雷，先排除定性错 ...

是的。
tip4p和OPC的特征基本一样（即虚拟点的定义方式），只不过电荷、键长、范德华参数之类细节有所不同，所以OPC模拟完全可以用TIP4P来填充盒子产生结构。

FMGwenyanhoon

sobereva 发表于 2020-10-15 05:45
是的。
tip4p和OPC的特征基本一样（即虚拟点的定义方式），只不过电荷、键长、范德华参数之类细节有所不 ...

好的明白了，谢谢您！