跑完分子动力学后的体系总是存在一个空洞的区域，求助背后原因

Jerry_Wang · 发表于 Post on 2020-10-14 21:59:28

各位老师，大家好！有一个关于分子动力学的问题想请教一下大家。

我模拟的初始结构如图1所示，两端为溶剂层，中间为固定的晶面层。
我用NVT系综跑了1ns后，发现体系会存在明显不均匀的现象，总会存在一个空洞的区域，如图2和图3中的黄色虚线框所示。

重复了好几次，都有这种情况。
想请教各位老师这种情况是否正常？如何调整才能消除这个空洞的区域呢？
请各位老师不吝赐教，谢谢啦！

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-10-14 23:15:32

因为是nvt盒子尺寸不变，在建模的时候你就在水和晶面间留出了空间，在模拟过程中这部分空间就变成了气泡，用npt可以把真空区压缩掉

Jerry_Wang · 发表于 Post on 2020-10-15 22:10:50

Lacrimosa 发表于 2020-10-14 23:15
因为是nvt盒子尺寸不变，在建模的时候你就在水和晶面间留出了空间，在模拟过程中这部分空间就变成了气泡， ...

老师，您好！感谢您的解答！我之前也考虑过使用NPT，但是我用的是MS软件，因为我这个模型中的晶面是固定的，然而一旦晶面固定了，MS中就不支持用 NPT 来跑分子动力学。想请教一下您，还有可能有其他方法来解决这个问题吗？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-10-16 11:16:43

Jerry_Wang 发表于 2020-10-15 22:10
老师，您好！感谢您的解答！我之前也考虑过使用NPT，但是我用的是MS软件，因为我这个模型中的晶面是固定 ...

加水把空腔填满吧

Jerry_Wang · 发表于 Post on 2020-10-16 12:54:02

Lacrimosa 发表于 2020-10-16 11:16
加水把空腔填满吧

老师，您好！我最初是按照水的密度 1 g/cm3 来建的溶剂层，是不是可以把密度设置大一些？这样水分子数就多了

gaohang912 · 发表于 Post on 2020-10-16 15:08:58

用的是什么模拟软件呢请问

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-10-16 17:59:28

Jerry_Wang 发表于 2020-10-16 12:54
老师，您好！我最初是按照水的密度 1 g/cm3 来建的溶剂层，是不是可以把密度设置大一些？这样水分子数就 ...

密度设置大了或许容易崩溃

Jerry_Wang · 发表于 Post on 2020-10-16 18:21:02

gaohang912 发表于 2020-10-16 15:08
用的是什么模拟软件呢请问

老师，您好，我用的是MS软件

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[综合交流] 跑完分子动力学后的体系总是存在一个空洞的区域，求助背后原因

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