求教：带电体系经典分子动力学模拟

wth1219 · 发表于 Post on 2020-10-23 23:43:13

本帖最后由 wth1219 于 2020-10-23 23:49 编辑

各位老师好，请教一下如果通过经典分子动力学模拟计算水溶液中配合物的解离自由能（PMF）以判断其稳定性，对于带电（负电）的配合物，应该像FPMD那样直接计算带电体系，还是加入Na+抑或K+平衡体系电荷？
（SPC/E水分子模型，搭配LJ 12-6力场。非可极化力场。）

如果应该用后者，用于平衡电荷的离子的种类会对PMF产生影响吗？

谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-10-24 19:42:58

一般来说是要加抗衡离子的，有的软件会自动添加背景电荷，但是最好不要依赖这种隐性功能

wth1219 · 发表于 Post on 2020-10-25 09:55:08

fhh2626 发表于 2020-10-24 19:42
一般来说是要加抗衡离子的，有的软件会自动添加背景电荷，但是最好不要依赖这种隐性功能

明白了，谢谢您的指导！

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[综合交流] 求教：带电体系经典分子动力学模拟

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