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[GROMACS] UFF力场适用性问题

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  请问老师 用UFF力场自动生成的拓扑文件做了预模拟与预期不符(真空中,两个分子本来应该形成氢键但是模拟结果为互相远离)是不是说明UFF对这个体系不适用。

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发表于 Post on 2020-10-26 14:05:39 | 只看该作者 Only view this author
UFF普适性比较强但是精度比较差,不同的力场有不同的适用范围,你需要根据自己的体系去选取。也不排除其他可能,比如两个分子距离太远的情况
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发表于 Post on 2020-10-26 14:22:38 | 只看该作者 Only view this author
一般的氢键主要本质是静电作用,对于普通的力场需要通过恰当的原子电荷才能表现。如果你的拓扑文件里没恰当或者根本没设电荷,肯定是描述不了氢键的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-26 14:37:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-26 14:22
一般的氢键主要本质是静电作用,对于普通的力场需要通过恰当的原子电荷才能表现。如果你的拓扑文件里没恰当 ...

我用的mutifwn 计算的ADCH电荷,电荷应该没有问题。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-26 14:40:57 | 只看该作者 Only view this author
不好意思,网络卡,发了好几次。

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发表于 Post on 2020-10-26 14:59:19 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-10-26 14:37
我用的mutifwn 计算的ADCH电荷,电荷应该没有问题。

这和模拟条件也有关,比如温度,温度高了自然就会飞了
先用低温模拟进行试验
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