对帖子中的配位结构计算CM5电荷是否合理？

Kangtor

k64_cc 发表于 2020-10-28 21:01
有配位键就得真的加一根bond进去，如果不加，就代表他准备用Coulomb interaction表示配位键——然而放一 ...

它原文图中确实没有显示出配位键来。
我上面提供的那个离子液体的做法可能就真的是有问题，它的那个静电势图就是那个样子。
还有第二图是聚合物中的极性原子和离子配位，它就给了个示意的代表图，而且文章中只说了一句拟合静电势，拟合方法不提，关键是还和Mulliken对应了一下，我真是看得醉了。

(我猜) 文献中QM算的结构有bond，然后用这个结构去拟合的静电势

Kangtor

k64_cc 发表于 2020-10-28 21:01
有配位键就得真的加一根bond进去，如果不加，就代表他准备用Coulomb interaction表示配位键——然而离子- .

那是不是有显示bond的结构也拟合的不好？

k64_cc

Kangtor 发表于 2020-10-28 21:26
那是不是有显示bond的结构也拟合的不好？

显示bond与否是作图的事情，主要是力场里得加一根键来拟合配位的相互作用，换言之，把离子-配体复合物当成一整个分子去赋力场。但是这么做就不能研究离子和配体分子的解离。如果你确定他俩结合的异常牢固，不会解离，可以考虑把这个复合物当成一个分子来处理，不过我不保证你选的力场能正确给出那个配位键的参数。

事实上极化作用在传统力场里本来就不太好表示。我建议还是把离子和配体拿出来分别拟合RESP，一般来讲，只要运气不太差，也能看到和溶剂配位的现象。如果特别想表现出极化后的电荷分布，或许可以试试QMMM，把MM表示的配体和QM表示的离子放一起优化，这样QM部分就是被极化过的，用这个电子密度做出来的RESP电荷应该可以表现极化后的电荷分布。但是这个方法太麻烦了，如果分别拟合电荷之后能观察到想看的实验现象，就别折腾了，真没啥必要……