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[GROMACS] gromacs可以模拟金属锌吗?

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楼主
请问gromacs可以模拟金属锌吗?我找不到gromacs模拟金属锌的范德华参数,只找到金,银,铜,镍,钯,铂这些~

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发表于 Post on 2020-11-1 14:18:28 | 只看该作者 Only view this author
google搜,只要是gromacs能支持的对势形式的参数就可以用,没有就没戏了。这不是GROMACS能不能的问题,是有没有现成力场的问题。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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3#
发表于 Post on 2020-11-3 12:46:33 | 只看该作者 Only view this author
Amber力场里这些多价金属离子的力场都有,还有好几个优化的版本。

凭印象:
1价离子:JCTC, 2015, 11, 1645
2价离子:JCTC, 2013, 9, 2733
3价离子:JPCB, 2015, 119, 883

也有oplsaa的金属离子力场,但是是赝原子组合的形式:
The Journal of Physical Chemistry B 2014, 118, 4351–4362

建议使用Amber力场的,比较全。

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发表于 Post on 2020-11-3 22:20:08 | 只看该作者 Only view this author
紫丹渡津 发表于 2020-11-3 12:46
Amber力场里这些多价金属离子的力场都有,还有好几个优化的版本。

凭印象:

楼主应该问的是零价锌
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-11-25 06:16:02 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主有金属锌相关的力场参数吗?

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发表于 Post on 2026-1-1 07:55:10 | 只看该作者 Only view this author
xliu97 发表于 2025-11-25 06:16
请问楼主有金属锌相关的力场参数吗?

用autoff可以得到金属锌的top文件

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