计算两平面夹角的VMD脚本

xcandy

我主要从事蛋白质及DNA相关的分子动力学模拟，主要涉及docking，平衡动力学模拟，结合自由能计算。所用到的软件主要有autodocking，NAMD，VMD，刚入坑时还用过一段时间DS和MS。
从自学动力学到出成果受到论坛中许多大佬的帮助，打算抽时间整理点有用的脚本，希望能帮到大家。
一、两平面夹角
原理：通过平面中任意三个原子的坐标求法向量，然后计算法向量的夹角，即为两平面夹角
使用时先在文件中输入所选原子的index序号
        示例：使用平面1中index序号为 881、875、879三个原子与平面2中index序号为 697、691、686的三个原子来计算两平面夹角，则只需将tcl文件中index序号修改即可（同一平面中三个原子的顺序随意）。
          set pa1 [atomselect top "index 881"]
          set pa2 [atomselect top "index 875"]
          set pa3 [atomselect top "index 879"]
          set pb1 [atomselect top "index 697"]
          set pb2 [atomselect top "index 691"]
          set pb3 [atomselect top "index 686"]

然后用vmd调用，轨迹中各帧的夹角会保存在result.txt文件中。

冰释之川

这里补充一下社长的小程序：

计算两个平面夹角的小程序
http://sobereva.com/302（http://bbs.keinsci.com/thread-1623-1-1.html）