packmol建模得到.pdb_FORCED文件

liurongjuan · 发表于 Post on 2020-11-4 22:20:59

各位老师好，本人是分子动力学小白，现想用packmol建一个水盒子中间空一个圆柱，里面填充CTAC和BINOL分子，然后用gromacs进行模拟形成胶束，但packmol建模后会生成一个后缀为.pdb_FORCED文件，后面能量极小化时能量一直不收敛，packmol的文件如下所示，请问下应该怎样修改才可以建立正确的模型？

hongxy · 发表于 Post on 2020-11-5 20:35:24

FORCED文件应该是你的盒子太小分子数量太多，packmol加了外力强行把你要求的分子塞进去了，所以会有一些原子重叠，最好不要用FORCED文件

liurongjuan · 发表于 Post on 2020-11-5 23:52:59

hongxy 发表于 2020-11-5 20:35
FORCED文件应该是你的盒子太小分子数量太多，packmol加了外力强行把你要求的分子塞进去了，所以会有一些原 ...

好的，那我减少一些水分子试试看，谢谢啦～
再请问一下，我用Gromacs添加box和ions，随后进行能量极小化，但体系能量一直不收敛, 请问应该如何解决呢？

hongxy · 发表于 Post on 2020-11-7 09:46:59

liurongjuan 发表于 2020-11-5 23:52
好的，那我减少一些水分子试试看，谢谢啦～
再请问一下，我用Gromacs添加box和ions，随后进行能量极小化 ...

我用的是LAMMPS,没用过Gromacs,但根据你上面的问题如果是体系能量不收敛估计也是因为存在原子重叠还有检查一下体系总电荷是否为0

liurongjuan · 发表于 Post on 2020-11-12 10:54:52

hongxy 发表于 2020-11-7 09:46
我用的是LAMMPS,没用过Gromacs,但根据你上面的问题如果是体系能量不收敛估计也是因为存在原子重叠还有检 ...

好的，谢谢啦

wyfgg · 发表于 Post on 2022-5-24 18:41:14

你好，请问您用packmol建立的混合体系是怎么获得的top文件呢？我合并了单个分子的top文件，运行em.mdp时提示我原子类型有误

Jotaro · 发表于 Post on 2022-6-16 14:20:35

wyfgg 发表于 2022-5-24 18:41
你好，请问您用packmol建立的混合体系是怎么获得的top文件呢？我合并了单个分子的top文件，运行em.mdp时提 ...

各个分子单独做top然后合并，类型出错一般是合并没做好

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