gromacs新手请教一下关于运行mdp文件生成tpr文件的问题

karme · 发表于 Post on 2020-11-5 11:03:42

1.mdp文件都是自己写的吗，假如可以找到模板，我应该去哪里找呢。
2.不同力场间的mdp文件可以相互用吗（假如都是用于能量最小化）。

karme · 发表于 Post on 2020-11-5 11:17:25

还有一个小问题，就是我做蛋白模拟，在中和离子成稳态的时候，用到的tpr文件，是直接去找别人的，还是自己写出来mdp文件然后转为tpr文件

土拔鼠 · 发表于 Post on 2020-11-5 12:52:32

1. 你在论坛里能搜到很多mdp的模板当然你也可以自己写

2. 不同力场的mdp一般来说是可以混用的但比如你要是直接把粗粒化的mdp用在全原子力场中其中的步长之类的参数就不合适了还有一些力场之间的截断值也有一些区别这些得看看力场原文去做微调

3. 所有的tpr都是需要你生成

有时间参加一下社长明年一月份的动力学培训会比你自己摸索要有效率的多

karme · 发表于 Post on 2020-11-5 15:02:56

谢谢老师

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