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[xtb] xtb6.3.3几何优化带正电荷体系失败的问题

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本帖最后由 cyan1024 于 2020-11-7 15:53 编辑

新人求助,下载了xtb6.3.3,跑过25原子中性体系的优化,成功。但是用相同的命令(已经修改了电荷)跑94原子,含Ni,带+1电荷,自旋多重度为0的的体系,超算任务总是提示失败。整个过程得到的文件只有out文件,在out里,没有报错提示,显示的输出方框只有calculation setup、GFN2-xTB和setup。


想问一下有人遇到相同的情况吗?这是软件的问题还是我设置的问题?

提交的命令是:
  1. xtb Ni.xyz --gfn 2 --chrg 1 --uhf 0 --ohess normal > Ni.out
复制代码
out文件在附件里

Ni-C-sub.out

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发表于 Post on 2020-11-7 16:52:21 | 只看该作者 Only view this author
没有有效信息,无法判断,要么程序bug,要么输入文件有问题。反复多测试弄清楚怎么回事。或者把xyz上传
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2020-11-7 18:37:04 | 只看该作者 Only view this author
检查一下是不是scf不收敛
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-7 20:13:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-7 16:52
没有有效信息,无法判断,要么程序bug,要么输入文件有问题。反复多测试弄清楚怎么回事。或者把xyz上传

这是我的xyz,能麻烦您看看吗?

Ni-C-sub.xyz

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-7 20:19:30 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-7 18:37
检查一下是不是scf不收敛

结构之前用高斯优化过,应该不会有收敛问题?

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发表于 Post on 2020-11-7 20:25:19 | 只看该作者 Only view this author
cyan1024 发表于 2020-11-7 20:19
结构之前用高斯优化过,应该不会有收敛问题?

不一定,半经验计算的初始猜测一般比DFT计算的初始猜测差得多(比如常常用extended Huckel初始猜测),所以DFT能收敛的体系半经验计算不一定能收敛。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-7 20:38:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-7 20:25
不一定,半经验计算的初始猜测一般比DFT计算的初始猜测差得多(比如常常用extended Huckel初始猜测),所 ...

我去看看,非常感谢!

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发表于 Post on 2020-11-8 19:15:30 | 只看该作者 Only view this author
至少我这里6.3.2能正常跑完(没装6.3.3)
Ni.out (104.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-9 09:53:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-8 19:15
至少我这里6.3.2能正常跑完(没装6.3.3)

那我试试换个版本,非常感谢!

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发表于 Post on 2020-11-9 11:48:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 喵星大佬 于 2020-11-9 11:56 编辑

用6.3.3,通过高斯调用
没有任何问题

链接:https://pan.baidu.com/s/1GS8sIVv6llauItmToYbQTg
提取码:3s77
输出文件是高斯的.out

直接运行一样没有问题,结果见附件

xtb.png (298.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

xtb.png

Ni.out

105.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-9 14:30:03 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-11-9 11:48
用6.3.3,通过高斯调用
没有任何问题

收到!非常感谢!请问高斯调用的脚本可以使用sob的gau_xtb吗?

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发表于 Post on 2020-11-9 16:02:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 喵星大佬 于 2020-11-9 16:06 编辑
cyan1024 发表于 2020-11-9 14:30
收到!非常感谢!请问高斯调用的脚本可以使用sob的gau_xtb吗?

本来就是用的那个
不过我猜你可能是在环境变量里没写"ulimit -s unlimited"所以栈不够用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-9 16:19:43 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-11-9 16:02
本来就是用的那个
不过我猜你可能是在环境变量里没写"ulimit -s unlimited"所以栈不够用

好哒,我去试试!

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