GROMACS用Schlitter方法算熵总会出现-nan(ind)

FMGwenyanhoon · 发表于 Post on 2020-11-13 22:06:06

由于GROMACS支持的熵计算方法和帧数相关，因此需要先根据不同模拟时间（即帧数）找出使当前体系收敛的帧数。比如下图:

然后我在计算的时候，经常会出现如下图的情况：

有的时候即使帧数更多的情况也可以得到正常结果，相当于就是一个帧数不多不少的中间数，但是就是会莫名其妙的这样。
所以想问问各位这是为什么，谢谢！

mol · 发表于 Post on 2022-9-5 06:36:31

请问lz用gromacs中的什么工具计算的熵

FMGwenyanhoon · 发表于 Post on 2022-9-5 14:58:33

mol 发表于 2022-9-5 06:36
请问lz用gromacs中的什么工具计算的熵

gmx anaeig

Mingyu · 发表于 Post on 2022-12-8 10:48:52

楼主现在解决了吗

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[GROMACS] GROMACS用Schlitter方法算熵总会出现-nan(ind)