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[GROMACS] top文件中的ga、gd、gb、gi怎么理解

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楼主
我将top文件中全部参数都一个个看过去,有几个疑惑,然后查了google也没找到答案
1.bond中的gb_2是什么意思
2.angle中的ga_10是什么意思
3.ga,gb,gd,gi有什么关联吗
4.同样是dihedrals,为什么会分成两个区域,一个是gd,一个是gi
希望各位大神,可以解答一下,谢谢


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2#
发表于 Post on 2020-11-17 02:09:43 | 只看该作者 Only view this author
gb_2可以理解为GROMOS力场里第2号bond项,具体对应的数值去看力场目录下的ffbonded.itp。a=angle d=dihedral i=improper,在ffbondedi.itp里都有
dihredral是描述二面角的周期势,improper通常是用来维持共轭区域平面性的,用处不同,势函数形式也不同
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 08:44:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-17 02:09
gb_2可以理解为GROMOS力场里第2号bond项,具体对应的数值去看力场目录下的ffbonded.itp。a=angle d=dihedra ...

谢谢老师

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