求助：如何实现可以随着分子移动的圆柱限制

1900 · 发表于 Post on 2020-12-2 11:46:06

体系是这样的，为了计算两个分子之间的pmf，我需要用一个弹簧将两个分子连接，同时为了保持两个分子的轴向沿着同一方向，我需要给两个分子分别添加一个圆柱的限制，但是我需要这个限制可以随着分子的移动而移动。因为如果限制不能移动，那么弹簧就不能反映出两个分子之间的作用力了。。请问怎么实现？？

wyb · 发表于 Post on 2020-12-5 10:15:16

每隔几步读取一个更新后的两分子质心，以此建立圆柱限制。NAMD里面是这么操作的

1900 · 发表于 Post on 2020-12-5 14:26:21

wyb 发表于 2020-12-5 10:15
每隔几步读取一个更新后的两分子质心，以此建立圆柱限制。NAMD里面是这么操作的

请问gromacs可以实现么？NAMD没有用过

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：如何实现可以随着分子移动的圆柱限制