用ms建模后，导出pdb文件报错

atomhong · 发表于 Post on 2020-12-3 11:32:02

我用ms建模后，想把模型用pdb格式导出，但是一直报错，我试一试小一点的模型就没这问题，好像pdb文件的原子数不能太多，请问有什么解决办法吗？

mol · 发表于 Post on 2020-12-3 13:56:53

ms里最多支持9999个，lz可以把模型分成几块，导出多个pdb文件，然后合并。

atomhong · 发表于 Post on 2020-12-3 15:19:40

mol 发表于 2020-12-3 13:56
ms里最多支持9999个，lz可以把模型分成几块，导出多个pdb文件，然后合并。

您好，合并的话是用什么方法来合并？用packmol或者gmx里的建模方法吗？

mol · 发表于 Post on 2020-12-4 11:12:19

atomhong 发表于 2020-12-3 15:19
您好，合并的话是用什么方法来合并？用packmol或者gmx里的建模方法吗？

直接把文本复制到pdb文件中，然后用gmx editconf命令重新生成一下pdb文件就行了

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[Material Studio] 用ms建模后，导出pdb文件报错