Gromacs中对细胞膜模拟采用二维周期性条件加墙势可行么？

harrypotty18 · 发表于 Post on 2020-12-7 10:36:10

请教老师：在模拟膜和小分子相互作用的时候总是由于三维周期性条件跑到细胞膜的另外一侧，测试了很多不同的条件，比如在小分子上方加5nm,10nm的水层，但是还是跑到膜的对侧，因此想用二维周期性条件+墙势。
所以请问：
1：这种做法是否合理？
2：Z方向上的压强如何加，如果压强设置为0的话膜的APL值是不是不合理了？
3：墙处真空层必须加么？如果不加可以么？

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-7 14:36:59

1 可以
2 压强没法设
3 和怎么加水、墙势怎么设也有关系。如果最终没真空区，造成了虚假的压向膜的力就不好了

k64_cc · 发表于 Post on 2020-12-7 14:50:06

保证密度对就可以了。盒子足够大细节问题就都不重要。

harrypotty18 · 发表于 Post on 2020-12-7 15:21:52

sobereva 发表于 2020-12-7 14:36
1 可以
2 压强没法设
3 和怎么加水、墙势怎么设也有关系。如果最终没真空区，造成了虚假的压向膜的力就不 ...

老师，再请教下您第3个问题，真空层是要在Z方向的水层外侧靠近墙势的那里加么？一般加多少比较合适？有什么技巧或者经验么？

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-12-7 23:23:50

也可以你直接叠两层膜
水水水
膜膜膜
水水水
你分子
水水水
膜膜膜
水水水

harrypotty18 · 发表于 Post on 2020-12-8 11:00:10

wuzhiyi 发表于 2020-12-7 23:23
也可以你直接叠两层膜
水水水
膜膜膜

这种也试了，估计是因为分子较大的缘故，它还是会贴的上侧膜上面，而我的膜是对称性的，所以不太好讲

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[GROMACS] Gromacs中对细胞膜模拟采用二维周期性条件加墙势可行么？